海运单可以以最简便的形式操作，只要承运人的装运港代理预先将托运人供的收货人和货物的有关资料通过现代电讯技术传递给目的港代理。当货物到目的港后，收货人仅凭身份证明即可提货，而无需出示海运单。承运人在货物装运后向托运人签发海运单的主要目的是为了证明运输合同的存在和承运人己经收到货物的事实。

一般来说，海运单的操作程序以简便为佳，否则就会影响其优势的发挥。但是，即使海运单采用了类似于提单的较复杂的流转程序，在使用中仍会与提单有实质性的不同，即在货物先期抵达的情况下，收货人不必等海运单到手后才去提货，只要他能证明自己是海运单所记载的收货人就可及时地提取货物，以避免造成不必要的延误。

海运单的流转程序一般包括以下几个环节：

①当承运人应托运人的要求使用海运单时，应在订舱记录中加以确认，并注明“签发海运单”，以提示单证操作及目的港交接货物的做法与提单不同。

②承运人或其装运港代理预先将托运人在订舱时所提供的收货人详细资料(包括名称、地址、电话、传真、主管人姓名、职务等)列成清单传给卸货港代理。

③承运人或其装运港代理在接受货物后，凭场站收据签发海运单正本一份交给托运人，其余的副本交由装运港代理留存及随船交卸货港代理。

④签发海运单后，承运人或其装运港代理将该航次使用海运单的情况(包括海运单号、货名、数量、收货人等)通过E一MALI、电传或传真通知卸货港代理。

⑤舱单上注明哪些货物使用海运单。

⑥卸货港代理凭舱单、装货港代理提供的信息，在船舶抵港前，向海运单所记载的收货人发出到货通知。

⑦收货人凭己签收的到货通知及本人有效身份证件要求提货。

⑧卸货港代理验明收货人的身份后在结清运费及其他费用的情况下签发提货单放货。